マルチーズの起源は、紀元前１５００年頃にまでさかのぼります。
この頃、貿易の中継地点として栄えていた地中海のマルタ島に、フェニキア人の船乗りによって持ち込まれたのが、マルチーズの基礎になった犬だといわれています。
マルタ島は、貿易が盛んだったこともあり、周辺諸国と比べて文化が発達していました。
フェニキュア人は現在のレバノンの辺りに都市国家を築いていた民族で、海洋貿易を得意としていました。
一説では、アジアで見つけたマルチーズの基礎犬を海洋貿易の際に一緒にマルタ島へ持ち込んだのではないかと言われておりますが、ハッキリとしたことは判っておりません。
この頃のマルチーズは、船員の愛玩犬として船の中で飼われていたそうです。
その後、フランスやイギリスなどのヨーロッパ諸国に広まることで、改良が行われ、犬種として固定化されたようです。